Durante el gobierno radical de Arturo Illia (1963–1966), la FOTIA organizó una gran movilziación contra los patrones que adeudaban una zafra completa.
El movimiento fue severamente reprimido causando varios muertos, y el gobierno encarceló a su secretario general, Atilio Santillán aplicando el Plan Conintes, que permitía "militarizar" los conflictos sociales.
[3] En 1966, la dictadura autodenominada «Revolución Argentina» intervino los ingenieros tucumanos cerrando 11 de los 27 ingenios existentes.
El comandante Acdel Vilas estableció como objetivo principal la represión en el ámbito gremial, y dentro de este a la FOTIA.
Actualmente FOTIA se encuentra a cargo del secretario general Roberto Arnaldo Palina, secretario general adjunto Andrés Ceferino Galván (actual legislador por el PT)y el apoderado, y asesor legal Ricardo Alfredo Veliz.