Su abuelo, Jaime Pérez Mayor, y su padre, Jaime Pérez «Segundo», habían ocupado diversos cargos en la administración del pueblo: «justicia, jurados, almutacén y otros honoríficos, executándolos todos con grande aplauso, respecto y buena administración».
De niño pasó por Valencia, Zaragoza, Cuenca y Madrid, donde alcanzó la edad adulta.
La razón es que Pérez Ximeno además de organista era organero, es decir, se encargaba del mantenimiento y la reparación de órganos en otras catedrales e iglesias.
[2] Por lo menos desde 1642 tenía una estrecha amistad y era confidente del arzobispo Juan de Palafox.
Tomó como asistente al sobrino del maestro anterior, Juan Coronado, y también educo a su sobrino, Francisco Vidales, que posteriormente sería organista en la Catedral de Puebla y compositor.