En su primera temporada 2005-06 para el FC Luzern, Lustenberger logró asentarse en la Raiffeisen Super League e integrarse dentro del equipo.
Con el correr de los partidos comenzó a progresar en su nivel futbolístico lo que le permitió ganarse cada vez más la confianza de su técnico el exfutbolista suizo Ciriaco Sforza, y ya durante el receso invernal, se había ganado un puesto entre los once titulares del plantel.
Sin embargo, durante su primer año no logró establecerse como titular habitual en el equipo, no fue así hasta que en las dos temporadas siguientes disputara 37 partidos y se quedara en el Hertha Berlín cuando el club fue relegado a segunda división.
En su primer encuentro tras la recuperación, se vio obligado a jugar los últimos ocho minutos como portero, como consecuencia de la expulsión de Marco Sejna.
En 2013 el club anuncia que Lustenberger había sido nombrado el capitán del equipo luego del regreso a la primera división después de una temporada en 2.Bundesliga.