En marzo de 2001, Barthez protagonizó un desagradable incidente cuando golpeó deliberadamente a Ian Harte, futbolista del Leeds United.
En el 2005 y 2006 ganó 2 veces la Copa Intertoto de la UEFA con el equipo galo, sumando así el 3 título internacional del Mónaco En agosto de 2006, Barthez anunció su marcha del Marsella aunque planeaba seguir al menos dos años jugando en el fútbol profesional, pero en octubre de 2006, Barthez anunció su retirada del mundo del fútbol, debido al fracaso en las negociaciones para su regreso al Toulouse, Barthez comentó: «El único club al que realmente quería ir no me quería, pasó y debo aceptarlo».
En abril de 2007, el entrenador del Nantes comentó una refriega que tuvo Barthez con aficionados del club, muy descontentos con la marcha de la entidad, al día siguiente, Barthez confirmó su marcha del club, pero no afirmó que se retiraba, dijo que planeaba buscar un nuevo contrato por 2 años de duración, pero al no encontrar club, Barthez definitivamente se retiró.
Barthez comenzó a competir en automovilismo en 2008, al participar en la Copa Porsche Carrera Francia.
El piloto disputó en tres fechas de 2010, obteniendo un tercer lugar absoluto y un sexto en seis carreras.
Adoptando la nueva Ferrari 458 Italia en 2012, logró una victoria, tres podios y siete top 5 en 14 carreras, por lo que obtuvo el décimo puesto en el campeonato general.