Este departamento surgió de la iniciativa de los economistas chilenos Jorge Marshall Silva y Flavián Levine Bowden, junto con el economista germano-chileno Hermann Max Coers.
En 1946 sucede a Guillermo del Pedregal como decano el abogado Rafael Correa.
En 1964 asume como nuevo decano el también egresado de la facultad Sergio Molina, quien sostiene el cargo sólo hasta 1965, año en que sería sucedido por Edgardo Boeninger.
Durante su decanato el Consejo Superior de la universidad divide a la facultad en las sedes norte y occidente, división que en 1972 se convertiría en un verdadero cisma.
En efecto, ese año la facultad profundiza la separación física con una administrativa e incluso ideológica: se establece una Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas (FACEA) en la sede occidente y la Facultad de Economía Política en la sede norte, la primera era cercana a la centro derecha, con un ideario más bien neoclásico, y la segunda más cercana a la izquierda, con un pensamiento más heterodoxo y cercano a las corrientes marxistas.
Evidentemente, la Facultad de Economía Política no sobrevivió a estos embates, siendo disuelta el mismo año.
En 1976 José Elías es sucedido como decano por Mario Gómez, quien es designado en el cargo por el gobierno dictatorial de Augusto Pinochet.
Pese a esto, Johansen sigue siendo el decano de la facultad hasta 1994.
[5] En 2002 asume como decano el economista puertorriqueño radicado en Chile Joseph Ramos, coincidiendo con el otorgamiento por parte del Congreso de la nacionalidad chilena por gracia.
Sin embargo, la facultad enfrenta otra polémica en abril de 2003, cuando comienza un proceso judicial en contra de Nassir Sapag por autorizar pagos a empresas de su propiedad y de su cónyuge, contratar a su hermano y su sobrino, consentir indemnizaciones a funcionarios que se acogieron a retiro y pagar por proyectos convenidos con la facultad sin que se hubieran realizado.
Sapag fue condenado en primera instancia a 541 días de presidio e inhabilitado permanentemente para ejercer cargos públicos.
En 2018 asumiría como decano José de Gregorio quien se ha mantenido hasta la actualidad.
El área total del campus abarca 20.729 m2 y comprende cuatro edificios.