En el año 1857, la facultad se trasladó a un edificio contiguo al hospital de San Juan De Dios, sito en la actual calle Rector López Argüeta.
El edificio contaba con 22 aulas, 5 laboratorios y otros espacios de investigación complementarios.
Cercano a la facultad, se encontraba el Hospital Universitario San Cecilio, que complementa la actividad práctica y que fue inaugurado en 1952.
En 2015 tanto la facultad como el hospital fueron trasladados a nuevas y modernas instalaciones en el Parque Tecnológico de Ciencias de la Salud.
Concretamente, en la Facultad de Medicina tienen sede los siguientes departamentos:[7]