El término «Fayón» aparece por primera vez en 1219; proviene del árabe حيون, Ḥayyūn, Fayún, nombre de persona, posiblemente bereber egipcio.
La ruta fluvial Zaragoza → Escatrón → Mequinenza → Fayón comunicaba con Tortosa y el Mediterráneo al menos desde la llegada de los romanos.
La llegada del ferrocarril en 1892 creó una potente sinergia, al transbordar al mismo, situado en la margen derecha, el carbón de las minas de la margen izquierda.
Uno de los pocos llaguts que todavía existe, el llamado Cardenal, se conserva en Fayón, a la espera de que se habilite un espacio como museo.
El lignito se transbordaba en la estación de ferrocarril, que quedaba muy próxima al río Ebro.