[1] La reforma universitaria planeaba el acceso a la educación de la clase media y popular, que hasta entonces tenía presencia minoritaria en San Marcos.
Estos ideales iniciaron una larga tradición de activismo estudiantil en la universidad y alteraron el panorama político peruano.
Una vez establecida la FUSM, esta organización asumió dicha agenda, a la que se sumó tomar un rol protagónico en el movimiento estudiantil peruano, el cual promovía la gratuidad, reforma educativa y democratización de la universidad para hacerla accesible a todos.
[cita requerida] En las décadas de los cuarenta, cincuenta y sesenta, el Partido Aprista Peruano (APRA) tenía una fuerte presencia política en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y por ende, en la FUSM.
[cita requerida] En 1973 y 1976, las elecciones a la FUSM son ganadas sucesivamente por el FER Antifascista, que tuvo una gran influencia en los estudiantes provincianos, defensores de la revolución cultural y la reivindicación del campesinado.
Desde entonces la FUSM ha elegido democráticamente a seis juntas directivas, siendo la más reciente la del 2024.
[4] En su primera etapa, desde 1947 hasta 1989, la Federación Universitaria de San Marcos contó con los siguientes presidentes elegidos por procesos de elección democrática no obligatoria:[3][5][6][7][8][9][10][11][12][cita requerida] Entre los distintos logros que se le atribuyen históricamente a la Federación Universitaria de San Marcos en el Perú derivados de sus actividades, sea como propulsor o apoyo, se encuentran la creación del carné universitario, el medio pasaje universitario en el transporte público, descuentos para actividades culturales, entre otros.