Le dieron los puestos honoríficos como canónigo de Colonia, Maguncia, Salzburgo y Trier, que ya había sido hecho príncipe-obispo de Regensburg a los tres años de edad.
Su padre esperaba que la elección de Felipe como obispo sería obligar a la diócesis con más fuerza al ducado de Baviera y defenderse contra las fuerzas protestantes en la ciudad de Ratisbona.
Durante su minoría Felipe estuvo representado por Feliciano Ninguarda.
En 1582, renunció a su cargo para el bohemio Barón Zbinko Berka.
En 1586, Zbinko y el padre de Felipe entraron en tensión y así Zbinko entregó la administración de la diócesis a Jakob Miller en 1568.