Fernand Boone debutó como futbolista profesional en 1952 a los 18 años de edad con el Club Brujas.
Permaneció en el club un total de 19 años, en los que jugó 307 partidos.
En 1967 recibió el Zapato de Oro, premio concedido cada año al mejor futbolista de la Jupiler League.
Además ganó con el club la Copa de Bélgica en dos ocasiones.
Ya en 1971 fichó por el KSV Roeselare, equipo en el que se retiró como futbolista tras permanecer en el club una temporada.