En 1994 se trasladó al fútbol europeo en la primera división portuguesa, con el C.S.
Tras un desempeño desfavorable, jugó durante cinco años en la segunda división, hasta que finalmente ascendió de nuevo con el S.C.
Durante los siguientes años se trasladó a varios equipos, donde jugaría hasta que se retiró a los 37 años.
Fernando Aguiar tiene tanto nacionalidad portuguesa como canadiense.
Irónicamente, hizo su debut en enero de 1995 contra Portugal.