Tras su buena temporada con el juvenil herculano y tras el descenso del Hércules a Segunda B, la primera plantilla se nutrió de varios canteranos como Gonzalo Bonastre, Vicente Verdejo, Manolo Martínez o Javi Verde.
Fernando fue habitual en las alineaciones del Hércules en las 4 primeras temporadas, sin embargo en la 2003/04 jugó menos de lo habitual, y en la campaña 2004/05 se marchó cedido al Villajoyosa CF y en la siguiente de nuevo cedido al Benidorm CD.
Así en 2006 se desvinculó del Hércules y fichó por el Alicante CF, con el que realizó dos buenas temporadas, logrando el ascenso a Segunda División en 2008.
A pesar de haber sido titular con el equipo madrileño se le dio la baja.
Castellón, también en la Segunda División B. Fernando Béjar repitió titularidad, pero no éxitos colectivos.