Posteriormente ingresa al equipo de proyección[2] y en 2012 se incorpora formalmente a las divisiones inferiores del cuadro naranja.
En su primera temporada, alcanza el subcampeonato en el torneo de Clausura Fútbol Joven Sub-17.
[4][8] Esa temporada quedó marcada por el primer título oficial en la carrera de Fernando.
[9] El mediocampista fue capitán del equipo que dirigía César Bravo, excompañero de Fernando Cornejo Jiménez.
La anotación permitió que el equipo loíno rompiera una racha de siete fechas sin triunfos y le diera la primera victoria a su nuevo entrenador, Fernando Vergara.