A medida que fue creciendo en el fútbol, por pedido del entonces director técnico Ever Hugo Almeida, fue contratado por Barcelona SC para la temporada 2008, no tuvo muchas oportunidades de ser titular.
Desde que Reinaldo Merlo se hizo cargo a mediados de 2008, Fernando se convirtió en un jugador valioso para la alineación inicial.
Fernando Hidalgo en el 2010 vuelve a la selección llamado por Reinaldo Rueda en su primera convocatoria.
Por pedido exclusivo del DT Edgardo Bauza, Fernando Hidalgo es transferido desde la temporada 2011 a Liga Deportiva Universitaria.
Llegó junto con Liga a la final de la Copa Sudamericana 2011, en donde fue subcampeón.