Su trayectoria con la Coral Irunesa de Cámara estuvo marcada por el éxito por los diversos premios que ganó ésta estando bajo su batuta.
Tras este primer trabajo, Fernando Larruquert y Néstor Basterretxea fundaron la productora Frontera Films Irun, SA, con la que produjeron sus propias películas.
Ya en 1968 Fernando Larruquert y Néstor Basterretxea lograron estrenar la que es su obra maestra, Ama Lur o "Madre Tierra" en español.
Filmada durante dos años, superando las enormes trabas de la censura franquista, los cineastas buscaron ante todo indagar en torno a un nuevo lenguaje cinematográfico propiamente vasco.
En 1978, con patrocinio del Banco de Vizcaya, dirigió un largometraje documental centrado en la música popular vasca, titulado Euskal Herri-Musika.