Sus estudios tuvieron como marco la Capital Federal y la ciudad de La Plata.
Durante este periodo de tiempo, hasta su reincorporación en 1955, trabajó escribiendo para los diarios La Nación y La Prensa, para la Revista El Hogar, como articulista y reseñista en la revista Ciencia e Investigación, así como participando en distintos proyectos editoriales.
El trabajo en el terreno, siempre llevando a su lado discípulos (que luego serían también brillantes arqueólogos como Eduardo Mario Cigliano) se centró en Jujuy, Salta, Catamarca, La Rioja y San Juan.
[2] José Fernández, en su Historia de la arqueología argentina, coloca a Márquez Miranda entre los científicos que contribuyeron a la consolidación universitaria de la disciplina arqueológica, junto con figuras tales como Salvador Debenedetti, Antonio Serrano, Eduardo Casanova, Odilia Bregante, y Milcíades Alejo Vignati, por solo nombrar profesionales que actuaron en Jujuy.
Fernando Márquez Miranda ocuparía, según el mismo autor antes mencionado, una importante posición en el seno de la «corriente historicista» con fuerte fundamento etnohistórico y en contraposición a la «escuela naturalista».
Así contribuyó al funcionamiento del museo Eduardo Casanova (de Tilcara).