Fernando Morán jugó en la temporada 1994/95 en el Real Madrid C, segundo filial madridista que militaba por entonces en Segunda División B, jugó 20 encuentros y metió 2 goles.
Tras su paso por tierras orensanas, Morán regresó al Racing de Santander en 1999 donde estuvo hasta el año 2005.
La temporada 2005/06 jugó en el Cádiz CF en Primera, y la posterior en Segunda tras el descenso.
En verano de 2007 tras estar un tiempo a prueba en el Albacete Balompié, el club decidió ficharle, allí jugó 38 partidos y metió 3 goles.
En la temporada 2011-2012 sufre el descenso a Segunda División B con el Gimnàstic de Tarragona.