Fernando Vega empezó su carrera futbolística en los escalafones inferiores del Sevilla F. C., jugando en el segundo equipo nervionés hasta en el año 2005 dando el salto a la Segunda división española, jugando en las filas del Lorca Deportiva.
Su debut en la Primera División Española se produjo en el Estadio Nuevo Colombino ante el Recreativo de Huelva, partido que ganaron los locales por dos tantos a cero.
En su primera temporada en verdiblanco no contó con muchos minutos de juego, ya que en su puesto venía jugando Enrique Romero, aunque finalmente terminó disputando algunos partidos (17) de los cuales la mayoría fueron jugados en la segunda vuelta.
El futbolista renovó su contrato con el Real Betis Balompié hasta la temporada 2013-2014, aunque lo rescindió en agosto de 2011.
En el verano de 2015 se confirma su fichaje por el Club Deportivo Lugo.