Fernando nació en el Palacio de Oriente en 1850, durante el reinado de su madre, Isabel II; era nieto por línea materna del difunto rey, Fernando VII de España, cuyo nombre le fue dado, y de la regente María Cristina, y por línea paterna del infante Francisco de Paula de Borbón y su primera esposa, la infanta Luisa Carlota de Borbón; sus abuelos eran hermanos entre sí, mientras que sus abuelas también eran hermanas, por lo que los padres del infante eran primos carnales por partida doble.
Es posible que la exagerada consanguinidad endogámica de la Familia Real en aquellos tiempos fuese la causa principal de la muerte prematura de Fernando, que falleció cinco minutos después de nacer.
[2][3] Anteriormente su madre había sufrido un aborto, y en los siguientes años tendría otros nueve hijos, aunque sólo cinco superarían la infancia: el futuro Alfonso XII y las infantas Isabel, Pilar, María de la Paz y Eulalia.
El traslado a su primera sepultura, construida para albergar sus restos, se produjo el 25 de junio de 1853.
[4] En la actualidad se encuentra en la sexta cámara sepulcral, en concreto en el conocido como mausoleo de párvulos, bajo el epitafio:PRINCEPS, ELISABETH II FILIVS[5]