El infante Fernando estuvo involucrado en la disputa que enfrentó a la Corona portuguesa con Roma sobre la sucesión del obispo Payo País de Lisboa.
Entraron y destruyeron parcialmente la iglesia donde pensaban que estarían escondidos los parientes del obispo Juan.
Gregorio habrá otorgado protección y diversos beneficios a este infante, como las indulgencias de los cruzados y peregrinos a Tierra Santa, la prohibición de ser excomulgado o proscrito, la absolución de sus crímenes contra la Santa Sede y la anulación del compromiso que tenía.
hecho con Sancho II, teniendo así la oportunidad de recuperar la propiedad paterna.
Estando en Portugal, debió haber apoyado a su hermano, aunque procedía de Bolonia, en la guerra para reclamar el trono portugués, donde murió en 1246.