Los científicos comienzan a trabajar en un dispositivo conocido como el Quantum Accelerator (acelerador cuántico) que es planeado para cerrar los portales y detener posibles invasiones.
El trabajo parece estar yendo bien, pero las criaturas del exterior dirigen su atención hacia la nueva investigación.
Al día siguiente, un anillo de 7 portales se abre y comienza una invasión incluso mayor.
Por una hora los Quantum Accelerators logran cerrar 6 de los portales, pero el ejército del infierno se ha vuelto muy numeroso y muy fuerte.
El gobierno, desesperado porque el Quantum Accelerator fuera destruido o utilizado contra la humanidad, ordena a todos los marines ir al sitio.
Los marines hacen bien su trabajo: cuando la primera puerta experimental es abierta, aniquilan a las fuerzas del infierno.
La investigación continúa con más confianza y todas las medidas de seguridad se concentran en el portal.
Unos pocos meses después, la nave de suministros anuales llega con antelación, y luce extraña e inusualmente grande en el radar.
El personaje principal, el marine espacial sin nombre (quien se revela que es el comandante de los marines en el satélite) se encontraba ausente en ese momento y por eso logra escapar de la muerte o la zombificación.
Entonces jura que vengaría a sus tropas asesinadas y decide matar tantos demonios como le sea posible.
[1] Dario Casali abordó el nivel de dificultad del episodio de Plutonia en una entrevista en Doomworld, diciendo que "Plutonia siempre estuvo pensada para gente que había terminado Doom 2 en nivel difícil y estaba buscando un nuevo reto.