Estudió teología en la Universidad Pontificia Comillas en España, después de lo cual se ordenó presbítero.
También estudió Teología en el Pontificio Instituto Bíblico de Roma.
Su estudio de la literatura judía temprana lo llevó a Jerusalén, donde, después de un breve período en la Universidad Hebrea terminó en la École Biblique, que participó en la publicación de los Rollos del Mar Muerto (1975).
van der Woude, que en 1961 había fundado el Instituto de Qumrán.
Cuando Van der Woude se retiró en 1992, Martínez García lo siguió como director del instituto.