Nació en 1829 en Lyon donde estudió en su Escuela de Bellas Artes, con veintidós años emigró a América Central.
Además realizó reportajes gráficos sobre diversos temas relacionados con Francia con fines comerciales.
[2] En 1867 estaba presente como fotógrafo durante la captura y ejecución del emperador Maximiliano I y realizó uno de los reportajes sobre difuntos con mayor repercusión, especialmente en Francia.
Se dice que Édouard Manet se basó en sus fotos para realizar su serie de pinturas históricas sobre el tema, entre las que destaca la titulada La ejecución del emperador Maximiliano.
El sentido del reportaje fotográfico de Aubert hizo que documentara el acto con la camisa ensangrentada del emperador que fue el blanco de los disparos, una foto de su ataúd en posición vertical y del lugar en que fue ejecutado marcado con cruces; estas fotos se hicieron muy populares y se vendieron en gran cantidad como era costumbre en aquella época.