Interesado por los cañones y los acorazados, su estrategia se fundamentó especialmente en el combate naval, despreciando la puesta en marcha de cambios en la defensa antiaérea o los medios de detección del enemigo.
Darlan accede al cargo de vice primer ministro en 1941, puesto que está al mando de la única formación militar que ha quedado intacta tras la lucha con los alemanes, la Marina.
Sucede así a Flandin, incapaz de establecer un puente con el III Reich, que lo rechaza como interlocutor.
Para él, a largo plazo la guerra debería resultar asfixiante para el Reino Unido, que finalmente se vería obligado al abandono de la Europa continental al III Reich.
Francia podría así desempeñar un papel de mediadora, viéndose llamada, siempre según él, a vivir todavía largo tiempo bajo la dominación alemana.
Visto todo, para Darlan la menos mala de las soluciones era pues la colaboración con Alemania.
Tanto más cuanto él mismo esperaba personalmente jugar un importante papel, a la cabeza de la Marina europea, en la futura Europa del Orden nuevo, en el que Francia sería la segunda potencia, tras la propia Alemania.
Le es necesario mantenerse vinculado a la Alemania nazi para no perder África, tanto como para no perder sus carteras ministeriales en el Gobierno de la Francia de Vichy.
Por todo ello, Darlan entra en conflicto abierto con Maxime Weygand y con Charles Huntziger.
Darlan negocia entonces pseudo-compensaciones únicamente de tipo militar, pero que, al sobrepasar ampliamente el marco del segundo protocolo de París, hacían inevitable una guerra con los Estados Unidos y el Reino Unido.
Al final es Hitler quien rechaza indirectamente el 15 de marzo, al criticar las condiciones del proceso de Riom, en que los inculpados son acusados por haber perdido la guerra en 1940, mejor que por haber contribuido a su desencadenamiento.
Limita los desfiles y desea reducir el número de Estados Mayores, intentando generar un espíritu interarmas.
Alain Darlan sostenía que la Francia de Vichy no habría hecho sino concesiones menores.
Durante el verano de 1942, con Malta completamente aislada, Rommel continúa su avance hacia Egipto.
No cree posible un desembarco aliado en Holanda, lo único que podría conseguir sin destrucciones en Francia la retirada de las tropas alemanas en el país.
Otra elección podía pues plantearse, y si bien Darlan sigue comprometido con la colaboración, no deja de tener presente que Francia, con su posición y su flota, podía inclinar la balanza en favor de los anglosajones, mientras que los alemanes seguían sordos a sus proposiciones.
En suma, las elecciones hechas por Darlan habrían sido inspiradas más por su despecho y su oportunismo que por sus propias convicciones.
Así, durante una reunión en Dakar, habría declarado: «Próximamente, estaremos en guerra junto a nuestros aliados naturales, los anglosajones.
Tragaré todos los sapos que haga falta.» Simultáneamente, Darlan habría preparado una remodelación de los mandos navales para principios de 1943, en la que, por ejemplo, Harcourt habría sucedido al almirante Michelier en Marruecos.
Estaba internado en el Hospital Maillot, conectado a un pulmón de acero, y su estado era desesperado.
En la noche del 7 al 8, mientras que en Argel tiene lugar un golpe de Estado para apoyar el desembarco aliado, y el XIX Cuerpo de Ejército, neutralizado durante 15 horas por los resistentes civiles, no logra controlar la insurrección.
No obstante, tras ser liberado junto con Juin por la mañana, envía a las 8 de la mañana un telegrama a Vichy pidiendo la intervención de la Luftwaffe alemana contra los navíos aliados.
Entretanto, Giraud, llegado a Argel tras los combates, anuncia su fidelidad a Darlan, con lo que éste se proclama el 13 de noviembre Alto Comisario en África, en nombre del mariscal impedido, y por fin hace retornar al norte de África a la lucha contra el Eje.
También es cierto que su gobernador general, Pierre Boisson, no tenía otra elección, ya que el paso del norte de África al campo aliado cortaba sus comunicaciones con Vichy.
Para éstos, si bien el acuerdo con Darlan es mal visto por las opiniones públicas, y visto bajo sospecha por los propios generales aliados, es cierto que les permite no solo ganar tiempo sino también ahorrar vidas.
Es al menos lo que afirma en varias ocasiones el día 10 de noviembre.
Invocando la ruptura del armisticio y la ausencia de libertad de Pétain, invita al comandante en jefe a dirigirse con sus buques hacia el África Occidental Francesa y no hacia el África del Norte.
Al día siguiente, Darlan renueva su llamamiento en los mismos términos, aunque en ninguno de los casos encuentre eco su solicitud.