Destacado por su juego aéreo,[3] normalmente se desempeña en la demarcación de defensa central.
Tras iniciar su carrera en la Unión Montañesa Escobedo de Tercera División, el debut de Fran Pérez en una categoría profesional tiene lugar en 2007, defendiendo los colores de la hoy extinta Sociedad Deportiva Lemona, entonces en Segunda División B; permanece dos campañas en el equipo cementero, en las que interviene en 33 encuentros.
[3] Esa temporada disputa 22 partidos en los que anota 5 goles, su mejor marca realizadora.
Al término de la 2010/11, tras la pérdida de categoría del equipo vizcaíno, Pérez ficha por el CD Lugo.
La trayectoria de Pérez en su primera temporada en la división de plata del fútbol español estuvo lastrada por lesiones musculares.