Jugó 353 partidos con el Athletic Club, marcó 59 goles y dio más de 70 asistencias.
[3] Por otra parte, anotó el primer gol del siglo XXI en Liga para el Athletic en la derrota en La Rosaleda por 2-1.
[11] Durante la temporada 2006/2007, se mantuvieron los problemas de pubalgia, aunque jugó 38 partidos en los que marcó 5 goles y dio 6 asistencias.
[12] Antes de cada partido, el jugador debía ser infiltrado, para reducir el dolor, y poder saltar al campo.
[15] Con la llegada de Joaquín Caparrós, conseguiría el mayor logro en la carrera con el Athletic, la clasificación para la final de Copa en 2009, en ella, Fran Yeste asistió a Gaizka Toquero para que abriera el marcador tras un córner botado por el basauritarra, aunque el FC Barcelona remontaría (1-4).
[30] Se marchó del equipo tras marcar 9 goles en Liga, 2 en la Etisalat Emirates Cup y 1 en la Copa Presidente de EAU.
[33] Ese mismo mes, Yeste regresó a Emiratos Árabes Unidos fichando por el Baniyas SC,[34] donde terminó la temporada.
Además, alcanzó la final Copa Presidente de EAU tras eliminar en semifinales al Al-Wahda con un gol suyo que forzó la prórroga.
El 14 de julio de 2014 fue presentado como nuevo entrenador del CD Eldense,[39] aunque fue Rubén Albés el que figuró oficialmente como técnico ya que el vizcaíno no contaba con la licencia UEFA Pro (Nivel 3) para ejercer.
Fue campeón Mundial sub-20 en Nigeria en 1999 junto a Dani Aranzubia, Iker Casillas, Pablo Orbaiz o Xavi.