Su bisabuelo, George Quarles, fue Auditor de Enrique VIII y su padre, James Quarles, sostuvo distintos puestos bajo Isabel I y Jacobo I por lo cual fue recompensado con una propiedad llamada Stewards in Romford.
En 1639 fue nombrado cronólogo de la ciudad, puesto en el que Ben Jonson y Thomas Middleton lo habían precedido.
Se dice que su casa fue allanada y sus escritos destruidos por los parlamentarios debido a aquellas publicaciones.
El trabajo por el cual Quarles es mayormente conocido, los "Emblemas", fue publicado originalmente en 1635, con grotescas ilustraciones grabadas por William Marshall y otros.
Los "Emblemas" fueron muy populares entre la gente común, pero los críticos del siglo XVII y XVIII no tuvieron piedad de Quarles.