De los hijos, sobre todo si alcanzaron a tener figuración como Huáscar y Atahualpa, es menos difícil precisar el origen materno.
[1] Francisca, a quien llamaban 'La Coya' los primeros "vecinos" (denominación dada a los ciudadanos con derechos) de Quito, había nacido en el Cuzco por 1515, era hija legítima de Huayna Cápac, "a su madre la llevaban en andas, por ser mujer mayor y principal, según declaró el indio Pedro Inga, en Bogotá en 1575".
La línea incluye personas como: el ex presidente Roberto Urdaneta Arbeláez, los arzobispos Arturo Duque Villegas y Aníbal Muñoz Duque, a Braulio Henao, Anselmo Pineda, Abraham Moreno, José Tomás Henao y Braulio Henao Mejía, a Tomás Carrasquilla, Luis López de Mesa, León de Greiff, y Manuel Mejía Vallejo.
En Ecuador, los valores históricos y culturales heredados por sus descendientes como lo son los ex presidentes: Luis Cordero, Juan León Mera y Antonio Borrero Cortázar, son una ilustración del importante impacto de Doña Francisca Coya en la historia.
Entre otras figuras históricas ecuatorianas que descienden de ella se encuentran: Luis A. Martínez, Miguel Ángel León Pontón, Octavio Cordero Palacios, Alberto María Ordóñez Crespo, Carlos Concha Torres, Luis Quirola Saá, Emiliano Crespo Astudillo, José María Borrero Baca, Alfonso Borrero Moscoso, Manuel Borrero González, Vicente Salazar y Cabal, José Gabriel Pino Roca, el obispo Teodoro Luis Arroyo Robelly , Pedro Cocha Torres y Alfonso Arroyo Robelly.