Al romper Emiliano Zapata con el Gobierno de Francisco I. Madero, Alarcón siguió operando a las órdenes del General Vázquez en Tlaquiltenango, el Cerro del Venado, Nexpa, los Hornos, El Calabazar y Huixaxtla.
Durante la lucha contra Victoriano Huerta fue ascendido a General Brigadier por Emiliano Zapata, y participó en el sitio y toma de Chilpancingo, y en las tomas de las Haciandas de Treinta y Zacatepec, contra las fuerzas del Coronel Federal Flavio Maldonado; también participó en le sitio y toma de Cuernavaca.
Leal a los principios del Plan de Ayala, continuó la lucha contra el Carrancismo.
Al triunfo del movimiento de Agua Prieta el General Francisco Alarcón quedó incorporado a las fuerzas del General Genovevo de la O, el cual fue designado Jefe de Operaciones Militares en Morelos.
En 1924 solicitó su baja en el Ejército y se dedicó a cultivar la tierra, estableciéndose en Jojutla.