Posteriormente fue profesor de hebreo, francés y alemán del seminario de Ávila, y en 1868 se trasladó a estudiar a Múnich, donde fue discípulo de M. S. Müller en árabe; de Carl Hermann Ethé en hebreo, siriaco y etíope; y, sobre todo, del iranólogo Martin Haug, con quien estudió además sánscrito; allí llegó a poseer el siriaco, etíope, turco, arábigo, persa, sánscrito y zend (una clase de idioma avéstico).
Volvió a España en 1870 y se dedicó a la enseñanza particular, teniendo entre sus discípulos a José Moreno Nieto, José Canalejas, Manuel de la Revilla y Francisco Fernández González; pero su fama y conocimientos le granjearon un puesto de profesor auxiliar de la Universidad; no pasó de allí, porque su catolicismo acérrimo le causó tantos enemigos como las envidias sobre sus extensos conocimientos;[2] por lo menos lo explicó publicando un folleto, Las oposiciones de sánscrito por varios aficionados.
Fue asimismo profesor de hebreo, árabe, persa, turco, sánscrito, siríaco, etíope y acadio.
Tuvo por discípulo al diplomático Adolfo Rivadeneyra, hijo de Don Manuel Rivadeneyra, el gran librero-editor-impresor español, y tradujo libros de viajes.
[1] Los siguientes son algunos de los libros publicados por o sobre Francisco García Ayuso: