Recibió la púrpura cardenalicia de manos del papa Pío IV en el año 1561.
[1] Su hermano Giovanni Vincenzo Gonzaga también se convirtió en cardenal.
[2] Cuando Ferrante murió en 1557, Hércules Gonzaga pasó a ser tutor y el joven humanista mantuano y futuro jesuita Antonio Possevino se convirtió en tutor de los hermanos.
El Papa lo nombró legado papal en la Campagne y Provincia Marítima .
Participó en el cónclave papal de 1565-66 que eligió al Papa Pío V.