Inició a trabajar en la aduana de esa ciudad como escribiente, sin embargo en 1840 retornó a la capital del país para estudiar "farmacia", ya que era el deseo de su padre.
En 1842 decidió que no ejercería más su profesión y entró a trabajar a la dirección general de rentas, nuevamente como escribano, sin embargo al poco tiempo le fue encomendada la tarea directamente por el ministro, de realizar la cuenta nacional de 1841-1842, siendo su primer tarea de relevancia en el servicio público.
En 1847 se enroló en el Ejército Mexicano a fin de participar en la defensa del país ante la Intervención estadounidense en México.
[2] Su paso por el Ministerio de Hacienda dejó a este en la ruina, prácticamente sin fondos públicos.
La frase "Mucha política, poca administración" que erróneamente ha sido atribuida a Porfirio Díaz, fue dicha por Francisco Mejía Escalada durante el juicio que se siguió en su contra.