Desde 1555 Francisco Otón ejerció el poder como príncipe de Luneburgo hasta su pronta muerte por viruela en 1559.
Cuando Francisco Otón tomó las riendas del poder en 1555, tuvo que prometer al gobierno interino, que había gobernado desde la muerte de su padre en 1546, que cumpliría con un gran número de restricciones.
Su reinado estuvo dominado sobre todo por las deudas contraídas por el principado.
El matrimonio no tuvo hijos.
Fue sucedido en el gobierno de Luneburgo por sus hermanos Enrique III (1533-1598) y Guillermo el Joven (1535-1592).