En esta etapa, ya en categoría alevín, consiguió hacer historia con su equipo, alcanzando por primera vez en el Club la Fase Final del Campeonato de Andalucía.
Es en categoría infantil, en su primer contacto con el Fútbol-11, cuando adelantó su posición y empieza a jugar cerca de la delantera.
Esa misma temporada también jugó algunos encuentros en una categoría superior, Liga Nacional juvenil, dirigido por Juan Manuel Azuaga.
Francisco Portillo debutó, con 17 años, con el Atlético Malagueño, en un partido de Tercera División disputado frente al Mengíbar en la Ciudad Deportiva El Viso.
Portillo, con el dorsal 29 a la espalda, sustituyó al danés Mtiliga y disputó los últimos 17 minutos de un partido que finalizó con derrota para el Málaga CF por 2-0.
Fue con la llegada del técnico Manuel Pellegrini cuando Portillo comenzó a gozar de más oportunidades.
La llegada al equipo de jugadores como Isco, Joaquín o Cazorla aumentó la competencia en el plantel y Portillo contó con menos protagonismo.
En junio de ese mismo año el Betis efectuó el pago y se lo quedó en propiedad.
[2] Clave e importante en el equipo verdiblanco, Portillo se convirtió en una pieza fundamental del renovado Betis en su regreso a primera división.
[6] Con los pepineros logró un nuevo ascenso a la máxima categoría y al finalizar la campaña quedó libre.