En la medida que transcurrían los años y Francisco iba creciendo y madurando, éste se fue involucrando en las diversas conspiraciones independentistas que pretendían iniciar una nueva guerra por la independencia de Cuba.
Tomó parte en la fracasada conspiración conocida como Paz del Manganeso, en el año 1890.
[2] En los primeros tiempos de la guerra, combatió bajo el mando del Coronel Félix Ruenes.
En agosto, fue ascendido a General de División, grados con los que terminó la guerra, poco después.
Tras la Primera ocupación militar estadounidense (1898-1902), se inauguró la República de Cuba.