Fue ministro en el gobierno de Eduardo Santos.
Samper era hijo del empresario Santiago Samper Brush y de su esposa Gabriela Fernández de la Madrid y Martínez, siendo sus hermanos Fernando, Pedro y María Francisca Samper Madrid.
Los hermanos (destacando Joaquín) eran hijos del político Miguel Samper Agudelo.
Miguel era hermano del escritor y político José María Samper Agudelo, quien estaba casado con la escritora y poetisa Soledad Acosta de Samper.
También era cuñado del excanciller y exrector de la Universidad Nacional de Colombia, Manuel Ancízar, pues este estaba casado con su hermana Agripina Samper Agudelo En cuanto a su madre, se puede afirmar que ella era hija del político Pedro Fernández Madrid, quien a su vez era hijo del prócer de la independencia de Colombia, José Fernández Madrid, quien ocupó brevemente la presidencia de la joven república.