Se reunía con su primo Vicente en casa de este, junto a otros jóvenes, para conspirar.
Muchos oficiales cubanos y buena parte de las tropas se opusieron a dicho pacto.
Varios jefes cubanos fueron engañados por las autoridades coloniales, siendo apresados y deportados, luego de haber pactado la paz con el enemigo.
En 1886, el Mayor General Vicente García fue asesinado en su exilio en Venezuela, tras lo cual, muchos de sus seguidores decidieron regresar a Cuba, ya por entonces en paz.
Varona volvió a su región natal y se dedicó organizar una nueva guerra de indepeendencia, esta vez encabezada por José Martí.
Al poco tiempo de comenzar la guerra, Varona fue ascendido a Mayor General del Ejército Libertador cubano.
Una vez finalizada la guerra y derrotada España, se estableció la Primera ocupación estadounidense de Cuba (1898-1902).