Ostentó los títulos de II marqués de Cubas (título pontificio, elevado a I duque de Cubas, también pontificio, aunque sin validez en España), II marqués de Fontalba, grande de España (1910) y gentilhombre grande de España con ejercicio y servidumbre del rey Alfonso XIII y caballero del Real Cuerpo de la Nobleza de Madrid.
[1] En 1891 contrajo matrimonio en Madrid con María de la Encarnación de Urquijo y Ussía, condesa de la Almudena.
[1] Tuvieron seis hijos: Felipe, Francisco, Estanislao, Jesús, María de las Mercedes –casada con José Ramón de Hoces y Losada, duque de Hornachuelos[2]– y Matilde.
De acuerdo a la investigación recogida en la Causa General de la dictadura franquista,[3] Francisco de Cubas y su nieto habrían sido asesinados durante los sucesos luctuosos del llamado «túnel de la muerte de Usera» de la guerra civil española.
Fue senador por la provincia de Álava y senador por derecho propio.