Nacido alrededor de 1523-1524 en la Casa Encomienda que su padre tenía en Socuéllamos, éste no se lo llevó a América en 1535 debido a su corta edad, y pasó su infancia en La Mancha.
Durante los diez años que permanece en los “reinos” de México y Perú se labra una carrera ascendente junto a su padre, preparando desde el mismo momento de su llegada la sucesión en el cargo y el virreinato perpetuo y hereditario, a semejanza de como antes habían hecho sus antepasados en el Reino de Granada y el resto de cargos que les habían sido entregados.
Así lo reconoce el oidor Quesada quien dice al virrey sucesor Disculpa al Virrey Mendoza de que estando enfermo, tullido y fuera de la ciudad, dejase facultad a su hijo Dn.
Francisco para firmar por él y despachar algunas cosas perentorias y de poca consecuencia, tocantes a gobernación, para lo cual lo pidió por parecer a la Audiencia.
También se le tiene por el introductor del jengibre y otras especias asiáticas en México y América, ya que fue nombrado Factor real para este cometido.