Esta supresión temporal se debió al período claustral dictado en 1478 por Fray Alonso de San Cebrián según mandato de Isabel I de Castilla.
La facultad de Artes comprendía tres cátedras: dialéctica, filosofía natural y metafísica; mientras que la facultad de Teología constaba de dos: teología especulativa y teología moral.
Se dice que fue austero y cercano a su comunidad, así como muy venerado por el pueblo, que lo trataba como a un santo, de ahí que a su entierro acudiese gran parte de la ciudad.
Tal y como demuestra Saulo Ruiz Moreno en su obra Alquimia en Jerez, los programas simbólicos presentes en la iglesia de Santo Domingo estaban firmados por el prior y correspondía exclusivamente a él su diseño, por lo que no hay duda de su autoría intelectual.
En cuanto a las obras civiles del momento, tales como el Palacio de Riquelme o la casa de Ponce de León, solían diseñarse con el beneplácito de algún intelectual de renombre, que podría corresponder al prior dominico como confesor y consejero de gran parte de la nobleza jerezana de mediados del siglo XVI, algo que unido al estrecho vínculo hermético existente entre estos conjuntos arquitectónicos, hace deducir a Ruiz Moreno que el valioso patrimonio alquímico renacentista de Jerez debe en gran parte su origen al intelecto de Fray Francisco de la Barca Maldonado, que ejecutaba siempre sus obras filosóficas con el mismo alarife de confianza, Fernando Álvarez.