Comenzó su carrera como patólogo en la Universidad de Friburgo, con el famoso patólogo Ludwig Aschoff y escribió su tesis sobre el diagnóstico y desarrollo del cáncer gástrico.
Franz Büchner no solo fue muy conocido por su investigación sobre el papel de la hipoxia en las malformaciones congénitas, sino también por su crítica pública al «programa de eutanasia» nazi.
Según el historiador británico Richard J. Evans, Büchner realizó en noviembre de 1941 «el ataque más decidido al programa [Aktion T-4] por parte de un médico durante la vigencia del Tercer Reich».
Para Büchner, Binding y Hoche estaban abogando por la violación de la ética médica fundamental.
«La vida es el único amo a quien debe servir el médico», concluyó Büchner.