Llegó a hundir hasta 17 navíos, incluido el portaaviones británico HMS Ark Royal en noviembre de 1941.
Realizó tres patrullas en el Atlántico, encontrándose con varios navíos enemigos, los cuales consiguió hundir fácilmente.
A continuación, se le ordenó avanzar al Mediterráneo para proteger el U-boat Flotilla.
Luego se unió al personal del almirante Karl Dönitz por tres meses.
Gravemente herido, él y los demás pasaron un día a bordo de un bote salvavidas antes de ser recogidos por un barco estadounidense, el USS Barnegat.
Guggenberger viajó junto a August Maus, pero ellos fueron recapturados en Tucson.
Tras terminar la Segunda Guerra Mundial, Guggenberger se convirtió en un arquitecto, antes de reincorporarse a la Deutsche Marine en 1956.