La frontera entre Sudán y Sudán del Sur fue creada en 2005, durante la firma de los acuerdos de Naivasha (Kenia), que le otorgaba a los diez estados sursudaneses autonomía política al seno de la república de Sudán.
Esta autonomía llevó a la independencia total de Sudán del Sur en 2011.
Corresponde a los límites administrativos de los estados de Bahr el Gazal Occidental, Bahr el Ghazal del Norte, Warab, Unidad y Nilo Superior, con los estados del Sudán norteño no implicados en la autonomía y quedados bajo la autoridad del régimen de Jartum en el momento de la independencia.
No obstante, este trazado está sujeto a litigio, ya que no ha sido todavía adjudicada la pertenencia de algunos estados federados sudaneses ubicados en vecindad de Sudán del Sur, como el Nilo Azul, Kordofán del Sur y la región de Abyei;[1][2] por ahora, permanecen bajo la soberanía de la República de Sudán.
La frontera entre ambos estados permaneció cerrada hasta enero de 2016.