Mutesa II de Buganda fue el primer comandante militar y también presidente.
El presidente Milton despidió a muchos oficiales de alto rango, y reestructuró al ejército ugandés.
Algunas unidades ya no estaban bajo el control directo del ejército ugandés, y efectivamente se convirtieron en milicias independientes.
Idi Amin creó la Oficina Estatal de Investigación (OEI) y la Unidad de Seguridad Pública (USP) y eliminó a sus oponentes en el Estado Mayor militar.
Las fuerzas armadas ugandesas, a pesar de que Uganda es un estado sin litoral, mantienen algunas unidades navales.
La Armada ugandesa está presente en el Lago Victoria y cuenta con algunas lanchas rápidas de ataque.
[14][15] La fuerza aérea cuenta con los siguientes tipos de aviones y helicópteros: