Lo utilizan principalmente el navegador de ficheros Nautilus y otras aplicaciones GNOME anteriores a GNOME 2.22.
Un motivo de confusión es que la abstracción del sistema de archivos del núcleo Linux también se llama capa virtual file system (VFS).
Sin embargo, esta se encuentra a más bajo nivel.
Existe un reemplazo[1] llamado GVFS,[2] actualmente en desarrollo, que también permite montar particiones a través de FUSE.
[3] En abril de 2008, el proyecto GNOME declaró a GnomeVFS obsoleto en favor de GVFS y GIO, solicitando que los desarrolladores no lo usaran en nuevas aplicaciones.