Posteriormente retornó al país a jugar por Santiago Wanderers y por Colo-Colo, en donde con altibajos continuó su carrera profesional.
En dicha copa, Mendoza fue uno de los puntos altos del equipo chileno junto al arquero Patricio Toledo.
En la selección se mantuvo como lateral diestro titular indiscutido en los procesos de Arturo Salah, Mirko Jozic y Xabier Azkargorta, hasta el año 1996, en el que pierde el puesto ante la regularidad de Cristián Castañeda, Moisés Villarroel e incluso otras variantes.
Después de esto no fue considerado por el entrenador Nelson Acosta, puesto que Mendoza era el capitán de la selección en el periodo anterior, esto con Xabier Azkargorta, entendiéndose la cercanía con el entrenador anterior.
También participa activamente en los denominados showbol, realizados a lo largo de Chile y América, junto a Iván Zamorano, Marcelo Vega, Nelson Tapia, Rodrigo Pérez y otros exfutbolistas profesionales.