En sus años de universidad definió su conciencia política, integrándose en 1968 a las Juventudes Comunistas.
Para ejercer su liderazgo entre los chilenos, Apablaza contaba con un círculo de incondicionales entre los que contaban Raúl Pellegrin, y Juan Gutiérrez Fischmann, el “Chele”, este fue uno de los últimos en plegarse al grupo y tenía inmejorables vínculos con la dirigencia cubana, ya que su suegro era Raúl Castro, hermano de Fidel Castro.
Según investigaciones judiciales posteriores, fue al interior de este trío donde habrían surgido las órdenes para el asesinato del senador Jaime Guzmán y del secuestro de Cristián Edwards, ambos hechos ocurridos en 1991.
Luego de estos sucesos, Apablaza nuevamente debió abandonar el país, regresando a Cuba.
En 1994 el “comandante Salvador” decidió trasladarse definitivamente a Sudamérica, para establecerse en Argentina.
A fines del año 2000 las discrepancias entre “Salvador” y el resto de los comandantes que abogaban por una línea más militarista, terminaron por quebrar a la cúpula del FPMR, haciendo que Apablaza, en abierto desacuerdo con “Ramiro” y el “Chele”, decidiera abandonar la organización.
En el 2001, Apablaza ratificó públicamente su alejamiento del FPMR en una carta dirigida a la militancia, donde criticó con fuerza que se haya impuesto en la organización “una mentalidad operativa que busca vencer y no convencer”, donde “la eficacia política se ve asociada al carácter operativo de la acción y no a su pensamiento”.
Luego de su salida de la cúpula del FPMR, se supo que Apablaza creó un grupo denominado Identidad Rodriguista, en el cual intento plasmar sus ideas políticas, junto a varios ex-frentistas que lo acompañaron en este proyecto.
El Gobierno chileno apeló el fallo ante la Corte Suprema de Argentina, en tanto que Apablaza Guerra solicitó al Gobierno argentino la condición de refugiado político al considerar que en su país es perseguido por las autoridades.