Con este título, sucedió a Fernando Tricio como maestro, para posteriormente obtener la cátedra vitalicia.
En 1561 creó las provincias mercedarias de Lima, Cuzco, Chile y Guatemala, siendo las primeras autónomas en América.
Fundó el primer convento en Madrid, que fue casa provincial y general de la orden.
Realmente, gobernó la archidiócesis, puesto que Gaspar de Zúñiga nunca residió en Sevilla.
A este, le sucedió Cristóbal Rojas Sandoval, continuando Gaspar de Torres como obispo auxiliar.