Cada color se refiere al pelaje corto, el pelo largo (crines, cola) y los ojos.
Sólo las decisiones de los criadores los suelen reducir, a veces ya durante siglos.
Estos dos colores son resultado de los pigmentos producidos por los melanocitos eumelanina (negro) y feomelanina (rojo o amarillo).
El Agoutí (A) reduce localmente la eumelanina del cuerpo únicamente en patas, crines, cola y orejas.
Todos los colores "champagne" llevan un aspecto metálico y sus ojos están azules al nacimiento, después tienen el mismo estilo un marrón avellana (a veces más claro que lo normal).
Se diluye solamente en dos ejemplar y da la capa muy conocida "Isabelo" o con un crema.
Este caballo se llama isabela, cervuno o ratonero dependiendo del color principal lo que lleva.
El gen Pangaré (P o Pa) se encuentra en algunas razas de poni.
Un caballo negro, que lo lleva, tiene crines de color crema y una capa marrón oscura chocolate.
A veces parecen como caballos alazanes oscuros, pero genéticamente son completamente diferente.
Algunos caballos con Silver Dapple llevan un pelaje con manchas redondas como se los conoce de algunos tordos.
La diferencia es que el caballo tordo se aclara al envejecer hasta el blanco.
El gen Gray es dominante por eso la capa de un caballo se muestra torda tanto siendo homocigoto (G/G) como heterocigoto (G/g).
Sólo en las orejas o en la crin y la cola pueden existir pelos de color.
La cara de un tobiano está de color y lleva sólo estrella o lucero corrido fino, las patas son blancas y hay manchas blancas que van hasta la cruz.
Un pío overo lleva manchas blancas más horizontales, muchas veces en la mitad del cuerpo, que normalmente no llegan hasta la cruz.
Un caballo con dos genes de overo (homocigótico) no puede sobrevivir, este efecto se llama OLWS (Overo-Lethal-White-Syndrom).
Los Splashed Whites tienen los ojos azules, patas, braga, partes del cuello, cola, cara y (a veces) orejas blancas.