Los genes gap codifican factores de transcripción en un embrión en desarrollo, controlando su subdivisión en partes anterior, media y posterior.
Entre los genes gap se pueden nombrar a los Krüppel, knirps, hunchback, giant y tailless.
Las mutaciones en estos genes generan un fenotipo donde todo el segmento para el cual codifican se encuentra ausente, sin embargo, existen también otros dos genes que no codifican para todo un segmento sino que se sobrelapan con otros genes (como el caso de giant) o cuyas mutaciones impiden el desarrollo del segmento terminal (como lo hace tailless)2.
En el caso de los genes gap, estos inician su expresión por la presencia del gradiente de morfógeno; una vez inducidos su expresión y el efecto de genes maternos ha cesado, su regulación está determinada por los productos mismos de los genes, donde el gen Krüppel por ejemplo, no se expresa ni en la parte anterior ni en la posterior debido a que en ellas se encuentran las proteínas Hunchback y Giant, y, Tailless y Knirps, respectivamente; así, mutaciones en los genes de expresión anterior permitirán que Krüppel incremente su expresión en esta zona, al igual que si la mutación sucede en la parte posterior y viceversa2.
En estadios más tardíos del desarrollo, las proteínas generadas por los genes gap cobran importancia al reconocer los potenciadores (enhancer) que permiten la transcripción de los genes paired-ruled, los cuales determinarán los segmentos como tal en Drosophila2.